地方税の請求書にQRコードがついている場合はキャッシュレスで支払いが可能ですが、三ヶ日に支払いを行おうと楽天ペイからQRコード読み込みをしたところ、エラーとなりました。

原因は地方税サイト側の年末年始運休日に支払いを行おうとしたからのようです。
お知らせのページから毎年案内が出ています。だいたい12/28〜1/3あたりが運休期間のようですね。
https://www.eltax.lta.go.jp/news
1/4以降にまた試してみます。
(1/4 14:42追記)
1/4の8:30以降に試したところ問題なく支払いできました。